Η Σχολή Πλοιάρχων Εμπορικού Ναυτικού Ύδρας αποτελεί σήμερα ένα ζωντανό ιστορικό-ναυτικό μνημείο και μια χειροπιαστή έκφραση της ναυτικής μας συνέχειας.

Το 1749 ιδρύθηκε στην Ύδρα το σχολείο του Αγίου Βασιλείου στο περίβολο του ομώνυμου ναού, το οποίο από το 1800 περίπου λειτούργησε ως Ναυτική Σχολή της Ύδρας με πρωτοβουλία της Δημογεροντίας του νησιού, με την ονομασία "Η Ναυτική της Ύδρας Σχολή".

Στα προεπαναστατικά χρόνια στη Ναυτική Σχολή της Ύδρας ξένοι δάσκαλοι, Ιταλοί και Πορτογάλοι δίδασκαν την ναυτική θεωρία, την ναυτική τέχνη και ξένες γλώσσες (Ιταλική, Γαλλική, Ισπανική).

Ο Φελίτσε Καζέρτα από το Παλέρμο της Σικελίας, ήταν ναυτοδιδάσκαλος και δίδαξε στην Σχολή της Ύδρας από το 1817 μέχρι το 1821. Το 1821 αγωνίστηκε σε Υδραϊκό πλοίο για την ελευθερία του Έθνους.

Διδάσκαλος της Ιταλικής στη Σχολή ήταν ο διδάκτωρ της νομικής Ιωσήφ Κιαππέ, ο οποίος στην αρχή της επαναστάσεως ήταν γραμματεύς του Αναστασίου Τασμαδού και από τα μέσα του 1821 και καθ' όλη την διάρκεια της επαναστάσεως, γραμματεύς της κοινότητας και εκδότης του "Φίλου του Νόμου" και της "Abeille Grecque".

Από το 1837, το νεοσύστατο κράτος έστελνε στην Ύδρα, την Σύρο και το Ναύπλιο ναυτοδιδασκάλους για να διδάξουν ναυτικά μαθήματα και από το 1867 στα σχολεία Ύδρας, Σύρου, Σπετσών, Αργοστολιού, προστέθηκε ειδικός διδάσκαλος για τα ναυτικά μαθήματα και από τότε χαρακτηρίζονται Ναυτικά Σχολεία.

Το 1927 λειτούργησε στην Ύδρα ιδιωτική Ναυτική Σχολή με την φροντίδα του Σωματείου "Ενώσεως των Ναυτικών Ύδρας".

Το 1930 με το νόμο 4511 ιδρύθηκε από το κράτος η Σχολή Εμπορικής Ναυτιλίας Ύδρας που από το 1979 με ΠΣ 9/8-1-79 ανήκει στη βαθμίδα της Ανώτερης Τεχνικής και Επαγγελματικής Εκπαίδευσης.

Από το 1930 η Σχολή στεγάζεται στο σημερινό κτίριο που άνηκε στους Υδραίους καραβοκύρηδες Αναστάσιο Τσαμαδό και Αθανάσιο Κουλούρα και έχει παραχωρηθεί στο Δημόσιο αποκλειστικά για την λειτουργία της Σχολής. Το κτίριο αυτό κτίστηκε κατά την χρονική περίοδο 1780 - 1810.

Στα χρόνια της Γερμανοιταλικής κατοχής το κτίριο είχε επιταχθεί από τους Ιταλούς για την εγκατάσταση του στρατηγείου τους (κομαντατούρ) και η Σχολή λειτουργούσε στην Αθήνα, στα γραφεία της ενώσεως εφοπλιστών και αργότερα στη Καστέλλα μέχρι το 1949. Την 1η Νοεμβρίου 1949, οι δύο πρώτες τάξεις "επαναπατρίσθηκαν" στην Ύδρα όπου η Σχολή λειτουργεί μέχρι και σήμερα.

Το πρώτο εκπαιδευτικό σκάφος της Σχολής ήταν το τρεχαντήρι "Άγιος Γεώργιος" του καραβοκύρη Τσιγγάρη, το δεύτερο το "Ηλέκτρα" και το τρίτο το "Ευγένιος Ευγενίδης".

Από το 1989 εφαρμόζεται ο θεσμός της εναλλασόμενης εκπαίδευσης. Σύμφωνα με το σύστημα αυτό οι σπουδαστές μεταξύ του 1ου και 2ου, 4ου και 5ου εξαμήνων ταξιδεύουν με εμπορικά πλοία 5 - 6 και 6 - 7 μήνες αντίστοιχα, όπου εργαζόμενοι και αμειβόμενοι εφαρμόζουν στην πράξη όσα θεωρητικά έμαθαν στην Σχολή. Η διάρκεια της φοίτησης είναι 4 χρόνια και οι σπουδαστές τελειώνοντας λαμβάνουν το δίπλωμα του τρίτου πλοιάρχου.

Με πρόσφατο νόμο καταργήθηκαν οι Ανώτερες Δημόσιες σχολές Εμπορικού Ναυτικού και στην θέση τους ιδρύθηκαν σύμφωνα με τα διεθνή πρότυπα οι Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού που ανήκουν στην βαθμίδα της Ανώτερης τεχνικής και επαγγελματικής εκπαίδευσης.