Στην Ύδρα είναι αξιοσημείωτο το πλήθος από τα αγριολούλουδα που φυτρώνουν στο νησί, όπως οι σπάνιες σπέντζες, τα κυκλάμινα και οι παπαρούνες. Το σκηνικό συμπληρώνουν πεύκα, κυπαρίσσια, θυμάρι, θάμνοι και αιωνόβιες ελιές.

Η ελιά, που είναι η βάση της μεσογειακής διατροφής και το έμβλημα της Ειρήνης και η φασκομηλιά, που είναι σημαντικός τύπος μεσογειακής βλάστησης με θεραπευτικές ιδιότητες, συναντάται πολύ συχνά στην χλωρίδα της Ύδρας.

Τα αρωματικά φύλλα του θυμαριού παράγουν ένα είδος λαδιού που έχει ιαματικές ιδιότητες και χρησιμοποιούνται στην αρωματοποιία.

Το πιο κοινό κωνοφόρο στην Ύδρα είναι το πεύκο, συχνά όμως, ιδιαίτερα σε ασβεστολιθικές πλαγιές βλασταίνει και το κυπαρίσσι. Δεν λείπει επίσης και η άγρια μορφή του κυκλάμινου που ανθίζει το χειμώνα.

Η πανίδα είναι σημαντικότερη από την χλωρίδα του νησιού. Τσίχλες, πέρδικες, ορτύκια, τρυγόνια, μπεκάτσες, μελισσουργοί και συκοφάγοι και πολλά είδη πουλιών ζουν μόνιμα ή χρησιμοποιούν την Ύδρα στο δρόμο για τη μετανάστευσή τους. Από ερπετά διαβιούν δενδρογαλιά, (δραγκωλιά), αστρίτης, σαΐτα, σπανίως οχιά και σαύρες. Μικρά θηλαστικά, όπως ασβοί, σκαντζόχοιροι, χελώνες, ποντίκια, νυφίτσες, αγριοκούνελα, λαγοί και βέβαια τα μοναδικά αγριοκάτσικα της Ύδρας, διαμορφώνουν το ψηφιδωτό της φύσης.

Το θαλάσσιο οικοσύστημα της περιοχής είναι υγιέστερο από αυτό της Βόρειας πλευράς του Σαρωνικού και παρουσιάζει αρκετά μεγάλη ποικιλία ειδών, καθώς και μεγάλων πληθυσμών.

Μεταξύ αυτών τα κυριότερα είδη που έχουν εντοπιστεί είναι: μαρίδα, σαρδέλα, αθερίνα, γαύρος, γόπα, παλαμίδα, μπαρμπούνι, κουτσομούρα, μπακαλιάρος, κέφαλος, κωβιός, σκουμπρί, σαφρίδι, κολιός, σπάρος, γύλος, πέρκα, χάνος, σαργός, σκορπιός, λιθρίνι, στήρα, ροφός, σφυρίδα, συναγρίδα, λαυράκι, τσιπούρα, χταπόδι, σουπιά, σαλάχι, σμέρνα, μουγκρί, ζαργάνα και πολλά άλλα διάφορα είδη θαλασσινών.

Τελευταία, έχει αναπτυχθεί στη περιοχή και η οργανωμένη ιχθυοκαλλιέργεια. Σήμερα λειτουργούν ήδη πέντε μονάδες που εκτρέφουν λαυράκι και τσιπούρα με ικανοποιητική απόδοση.